В древности на месте с. Богородского стоял Прутский погост на р. Исме. В Смутное время он был уничтожен. В 1676 г. земли села - в поместье у окольничего Александра Савостьяновича Хитрово, который в 1679 г. построил деревянную церковь Покрова Божией Матери. Потом село во владении его сына Фёдора Александровича, а в 1705 г. вдовы последнего Марии Фёдоровны Хитрово. С 1713 г. оно принадлежало их дочери Анне Фёдоровне, которая была замужем за Павлом Ивановичем Ягужинским. В 1730 г. по определению Святейшего Синода А. Ф. Ягужинская "была лишена супружества и сослана в Фёдоровский девичий монастырь", имение досталось её дочери Екатерине, жене Василия Абрамовича Лопухина, от неё другой дочери Настасье. В 1763 г. она, вдова Фёдора Ивановича Головина, отдала Богородское своему сыну, графу Сергею Фёдоровичу.
В начале XIX в. село находилось во владении графа Дмитрия Александровича Гурьева (1751-1825). Он управлял Департаментом уделов, потом, в очень тяжёлое для России время был министром финансов.
В Богородском, в пору расцвета своей деятельности, Дмитрий Александрович построил роскошную усадьбу, от которой до нашего времени дошли остатки парка, несколько хозяйственных построек (флигель, конный двор) и построенная в 1807 г. ныне существующая каменная церковь Покрова Божией Матери.
Клировая ведомость церкви Покровской села Богородского Верейского уезда за 1849 г. сообщает, что церковь "построена 1807 г. тщанием графа Дмитрия Александровича Гурьева. Каменная с такой же колокольней. Престол один - во имя Покрова Пресвятыя Богородицы, теплая". "Внутри Покровской церкви иконостас резной работы, вызолоченный червонным золотом, в нем образа все живописные. На царских вратах внизу образа четырех евангелистов, вверху образ Благовещения", - дополняет опись церковного имущества 1813 г., - "на колокольне 4 колокола весом: 51 пуд 5 фунтов, 7 пуд 20 фунтов, 2 пуда 20 фунтов, 1 пуд 20 фунтов".
Во второй половине XIX в. селом владел ротмистр Николай Александрович Де-Витт, в 1914 г. здесь была усадьба С. С. Павловой.
В 1937 г. храм закрыт, использовался как столовая, левый портик был снесен. В 1995 г. здание передано общине верующих, начались богослужения и реставрационные работы.
В настоящее время храм находится в хорошем состоянии, частично отреставрирован.
Приходом налажены крепкие связи с Космодемьянской средней школой и Богородской основной школой, где настоятелем храма ведется факультатив Основы православной культуры. Приходом ведется активная и регулярная работа в воинских частях и с ОВД Рузского района. Настоятель храма, член Епархиального отдела по взаимодействию с Вооруженными Силами и правоохранительными учреждениями, принимает активное участие во всех мероприятиях, таких как конференции, митинги, богослужения, проводимых совместно с военными.